Aż do pierwszego rozbioru Polski w 1772 r. Koronowo wchodziło w skład powiatu bydgoskiego i województwa inowrocławskiego. Od XIV do XVIII w. było ośrodkiem zarządu rozległych dóbr ziemskich miejscowego klasztoru cystersów, jednego z najbogatszych opactw cystersów w Polsce. Stanowiło też, zwłaszcza w końcu XV i w XVI w., dość znaczny ośrodek rzemieślniczo-handlowy, utrzymujący nawet kontakty handlowe z Gdańskiem (handel zbożem i drewnem).
Znajdujące się w niewielkim oddaleniu od ówczesnej granicy polsko-krzyżackiej Koronowo było wielokrotnie narażone na najazdy wojsk Zakonu. W czasie Wielkiej Wojny (1409-1411), 10 października 1410 roku rozegrała się w rejonie wsi Wilcze (11 km na północny zachód od Koronowa) zwycięska dla Polaków bitwa z Krzyżakami, zwana odtąd bitwą pod Koronowem.
Dopiero akt lokacyjny z 1368 roku, nadany również przez Kazimierza Wielkiego, oraz przywilej lokacyjny opata Jana II w 1370 roku stworzyły realne podstawy do założenia miasta, które uposażono 27 włokami. Zgodnie z przywilejem zwano je Byszewem, Nazwa Corunowo pojawiła się w drugiej połowie XIV wieku, w źródłach notowana była od 1426 roku (wiąże się ona z nazwą klasztoru - Corona Mariae, w którym szczególnie pieczołowicie wyznawano Kult Najświętszej Marii Panny), a w powszechne użycie weszła w połowie XV wieku.
W okresie wczesnopiastowskim (950-1250 r.) na obszarze obecnego miasta wzniesione zostały przypuszczalnie dwa ośrodki grodowe: na tzw. Wzgórzu Łokietka (ok. 300 m na zachód od koryta Brdy, nieopodal mostu) oraz w lesie "Grabina" w Starym Dworze (ok. 250 m na południe od grodu koronowskiego).
Już w odległych czasach bliskość rzeki Brdy oraz duże obszary leśne zadecydowały o osiedlaniu się na tym terenie ludzi. Jak podaje monografia Koronowa z 1968 roku, najstarsze ślady bytności ludzi w tej okolicy pochodzą sprzed ok. 10.000 lat. Nie było to jeszcze osadnictwo stałe, lecz obozowiska przejściowe założone w środkowej epoce kamienia - mezolicie (ok. 8000-4200 l.p.n.e.), przez ludność kultury tardenuaskiej. Już z następnej epoki - neolitu (ok.4200-1700 l.p.n.e.), kiedy to ludność przechodzi z koczowniczego na osiadły tryb życia, pochodzą ślady osady założonej przez ludność kultury ceramiki sznurowej.