W czasie walk we wrześniu 1939 r. na zachód od miasta, na linii tzw. jezior byszewskich, 25 kilometrowym pasem od Jeziora Słuposwkiego do Sokola Kuźnicy przebiegały pozycje obronne 9 Dywizji Piechoty dowodzonej przez płk. Józefa Werobeja. Dywizja wchodząca w skład armii "Pomorze", w wyniku szybkich akcji wojsk pancernych nieprzyjaciela (9 DP walczyła z siłą pięciu wielkich jednostek, w tym dywizji pancernej dysponującej 324 czołgami i ponad 100 samochodami pancernymi) oraz jego przebicia się nad Wisłę została w nocy z 2 na 3 września okrążona i w następnych dniach zniszczona, z wyjątkiem 22 Pułku Piechoty, który przedarł się do Bydgoszczy.
2 września 1939 r. w Koronowie poległo 13 żołnierzy; ich zwłoki pochowano na miejscowym cmentarzu. Lata okupacji zaznaczyły się wzmożoną akcją eksterminacyjną, skierowaną głównie przeciwko inteligencji polskiej, działaczom politycznym i społecznym. 26 października 1939 r. Niemcy aresztowali a następnie zamordowali w lesie dawnego majątku Iwickowo (koło Srebnicy) 12 mieszkańców miasta. Na terenie więzienia w Koronowie znajdował się obóz karny dla Polaków, w którym w okresie od stycznia 1940 r. do połowy listopada 1944 r. zginęło lub zmarło z wycieńczenia 606 osób. Zwłoki ich pochowano na cmentarzu więziennym. Ogółem w okresie okupacji hitlerowskiej zginęło około 100 obywateli miasta. Koronowo zostało wyzwolone przez wojsko radzieckie 26 stycznia 1945 r.
