Historia Zakonu Cystersów rozpoczyna się już w I połowie VI wieku. Wtedy bowiem Benedykt z Nursji, dokładnie w 529 roku skupił wokół siebie we Włoszech na Monte Casino, ludzi pragnących realizować wzory życia pobożnego w sposób doskonalszy niż czynił to ogół wierzących. Napisał też dla nich regułę, zwaną później regułą św. Benedykta.
Tak powstało pierwsze opactwo najstarszego zakonu katolickiego, nazwanego od imienia założyciela - benedyktynami. W IX wieku w większości klasztorów zaniechano reguły benedyktyńskiej. Ale w burgundzkim klasztorze w Molesmes we Francji znalazła się grupa benedyktynów, którzy zapragnęli wrócić do ideału surowej ascezy i wcielić w życie pierwotną regułę. Opuścili więc w 1097 roku klasztor i na pobliskim pustkowiu, zwanym później Cistertium, założyli nowy dom zakonny. Przez niektórych zakonników uznani zostali za buntowników, ale w efekcie zostali zatwierdzeni przez Kurię Rzymską.
Od 1098 roku stanowią samodzielny zakon. Początkowo przyjęli założenie, że jedyną podstawą ich egzystencji materialnej będzie praca fizyczna wszystkich zakonników. Nie dało się to jednak pogodzić ze spełnianiem czasochłonnych obowiązków religijnych przewidzianych w regule a i ówczesne poglądy dyskryminujące pracę fizyczną, utrudniały wstępowanie do zakonu ludziom możnym. Przywrócono więc podział zakonników na dwie grupy. Pierwsza to ci, którzy mogli otrzymać święcenia kapłańskie, a druga to tzw. bracia świeccy, których niewielkie obowiązki religijne pozwalały im przede wszystkim pracować. W rezultacie zakon, który zaczął swą działalność pod hasłem ubóstwa, stał się jednym z najbogatszych. Taki kierunek rozwoju zakonu pozwolił wstępować doń nawet najbardziej zamożnym ludziom, co też się działo. Przyśpieszało to jeszcze bardziej rozwój klasztoru Cistertium i przyczyniło się z kolei do założenia domów filialnych.
W 1152 roku było już 336 klasztorów związanych z Cistertium, a w XIII wieku - 752. Szczególnie popularni Cystersi byli w wieku XII kiedy to odgrywali dużą rolę w życiu religijnym i politycznym Europy Zachodniej, a jednym z pięciu opatów kierujących wspólnotą cysterską był Bernard z Clairvaux - niewątpliwie pierwszoplanowa postać w historii zakonu Cystersów. To właśnie on i św. Benedykt najczęściej występują na dziesięciu dużych obrazach ilustrujących historię zakonu, wiszących w nawie głównej koronowskiego kościoła. W 1115 roku Bernard założył klasztor w Clairvaux, w którym pozostał na stanowisku opata do końca życia, zakładając w tym czasie dalsze 62 filie i kierując stu sześćdziesięcioma innymi. Jest patronem Cystersów, czczą go również jako patrona pszczelarze. Na obrazach występuje m.in. z mitrą lub tiarą leżącymi u stóp, jako symbolami jego rezygnacji z urzędów.
